技術(shù)概述 RNA pull down是體外研究RNA與蛋白互作的重要技術(shù)。該技術(shù)通過(guò)體外轉(zhuǎn)錄靶RNA的一部分或全長(zhǎng),用生物素標(biāo)記轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物,再與蛋白提取液孵育,形成RNA-蛋白質(zhì)復(fù)合物。該復(fù)合物可與鏈霉親和素磁珠結(jié)合,從而把靶RNA結(jié)合蛋白從蛋白提取液中分離出來(lái)。復(fù)合物從磁珠上洗脫下來(lái),通過(guò)western blot實(shí)驗(yàn)檢測(cè)特定的RNA結(jié)合蛋白是否與靶RNA結(jié)合;通過(guò)質(zhì)譜儀檢測(cè),可以篩選到與靶RNA結(jié)合的蛋白。 技術(shù)原理 生物素與鏈霉親和素間的作用是目前已知強(qiáng)度**的非共價(jià)作用;其中活化生物素可以在蛋白質(zhì)交聯(lián)劑的介導(dǎo)下,與已知的幾乎所有生物大分子偶聯(lián)。因此用生物素標(biāo)記核酸后,利用生物素和鏈霉親和素之間的親和作用,可以純化出各種生物大分子復(fù)合物。 RNA pull down實(shí)驗(yàn)是用生物素標(biāo)記體外轉(zhuǎn)錄的靶RNA分子,再用鏈霉親和素純化出與靶RNA結(jié)合的蛋白復(fù)合體,洗脫得到RNA結(jié)合蛋白質(zhì)。 技術(shù)應(yīng)用 靶RNA結(jié)合蛋白的驗(yàn)證或篩選。 技術(shù)流程 ![]()
![]() 參考文獻(xiàn) 1.Identification of RNA-Protein Interactions Through In Vitro RNA Pull-Down Assays. Methods MolBiol 1480:99-113(2016). 2.The long noncoding RNA ASNR regulates degradation of Bcl-2 mRNA through its interaction with AUF1. Sci Rep 6:32189 (2016). 3.Silencing of the mRNA-binding protein HuR increases the sensitivity of colorectal cancer cells to ionizing radiation through upregulation of caspase-2. Cancer Lett 393:103-112(2017). |