技術(shù)概述DNA pull down-MS是體外研究DNA與蛋白互作的有力工具。該技術(shù)將生物素標(biāo)記的DNA片段結(jié)合在鏈霉親和素磁珠上,再與細(xì)胞核蛋白孵育,純化出與DNA片段互作的蛋白,洗滌洗脫得到的蛋白產(chǎn)物,做western-blot檢測特定蛋白是否與靶DNA片段結(jié)合;做質(zhì)譜鑒定即可篩選出與DNA片段可能互作的蛋白信息(如具體某個(gè)或某些轉(zhuǎn)錄因子/組蛋白等)。
技術(shù)原理
生物素與鏈霉親和素間的作用是目前已知強(qiáng)度**的非共價(jià)作用;其中活化生物素可以在蛋白質(zhì)交聯(lián)劑的介導(dǎo)下,與已知的幾乎所有生物大分子偶聯(lián)。因此用生物素標(biāo)記核酸后,利用生物素和鏈霉親和素之間的親和作用,可以純化出各種生物大分子復(fù)合物。 DNA pull down實(shí)驗(yàn)首先針對靶標(biāo)區(qū)域設(shè)計(jì)DNA探針,探針經(jīng)過脫硫生物素標(biāo)記,跟偶聯(lián)在磁珠上的鏈霉親和素結(jié)合;細(xì)胞核提取物與磁珠-DNA探針孵育,純化出與靶DNA片段結(jié)合的蛋白復(fù)合體,洗脫得到DNA片段的結(jié)合蛋白質(zhì)。 技術(shù)應(yīng)用
目的DNA片段的互作蛋白(如轉(zhuǎn)錄因子等)篩選。 技術(shù)流程
服務(wù)信息
參考文獻(xiàn)1.A requirement for breast-cancer-associated gene 1 (BRCA1) in the spindle checkpoint. Proc Natl AcadSci U S A 101(49):17108-17113(2004).
2.Identification of DNA-binding proteins that interact with the 5'-flanking region of the human D-amino acid oxidase gene by pull-down assay coupled with two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry. J Pharm Biomed Anal 116:94-100(2015).
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