一、SILAC研究蛋白質(zhì)相互作用概述
????????SILAC?(Stable isotope labeling with amino acids in cell culture,?SILAC) 結(jié)合免疫沉淀(Immunoprecipitation, IP),來(lái)尋找互作蛋白,是SILAC在定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究基礎(chǔ)上的進(jìn)一步應(yīng)用。基本思路是通過(guò)質(zhì)譜鑒定及分析蛋白的相對(duì)表達(dá)量來(lái)判斷某一蛋白是否與誘餌蛋白特異結(jié)合,當(dāng)實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組中某個(gè)蛋白質(zhì)含量達(dá)到統(tǒng)計(jì)學(xué)差異時(shí),即可判定該蛋白質(zhì)與誘餌蛋白質(zhì)存在互作。
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二、與傳統(tǒng)的免疫共沉淀(CoIP)或Pulldown相比,SILAC-IP有以下優(yōu)勢(shì)
??1、特異性強(qiáng),假陽(yáng)性極低;??????
??2、高通量,液相與質(zhì)譜連用,能**限度的尋找到相互作用的蛋白質(zhì);????
??3、靈敏度高;
? 4、能直接檢測(cè)出與bait蛋白互作的其它蛋白的相對(duì)含量。
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三、SILAC研究蛋白質(zhì)相互作用技術(shù)流程
實(shí)驗(yàn)流程:
不同的實(shí)驗(yàn)背景和目的需對(duì)應(yīng)用不同的SILAC-IP實(shí)驗(yàn)方案
方案一:以正常細(xì)胞株為實(shí)驗(yàn)材料
? 1. 分別用輕、重鏈氨基酸培養(yǎng)細(xì)胞,培養(yǎng)至第5~6代時(shí)取等量細(xì)胞提取蛋白質(zhì);
??2. 提取的輕鏈、重鏈細(xì)胞總蛋白分別用Normal IgG和抗bait蛋白的特異抗體做免疫沉淀(IP);
? 3. 混合輕、重鏈IP產(chǎn)物,SDS-PAGE分離;
? 4. 膠內(nèi)酶切,肽段抽提、純化、鑒定和定量(圖1:成對(duì)出現(xiàn)的峰為非特異性結(jié)合蛋白)。
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圖1 正常細(xì)胞株的SILAC-IP實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
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方案二:以過(guò)表達(dá)bait蛋白的細(xì)胞株為實(shí)驗(yàn)材料
? 1. 分別用輕、重鏈氨基酸培養(yǎng)正常對(duì)照細(xì)胞和過(guò)表達(dá)bait蛋白的細(xì)胞株(帶標(biāo)簽),培養(yǎng)至第5~6代時(shí)取等量細(xì)胞混合并提取蛋白質(zhì);
? 2. 提取的輕鏈、重鏈細(xì)胞總蛋白均用標(biāo)簽蛋白抗體做IP;
? 3. 混合輕、重鏈IP產(chǎn)物,SDS-PAGE分離;
? 4. 膠內(nèi)酶切,肽段抽提、純化,質(zhì)譜鑒定和定量(圖2:成對(duì)出現(xiàn)的峰強(qiáng)一致的峰為非特異性結(jié)合蛋白)。
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圖2 過(guò)表達(dá)細(xì)胞株的SILAC-IP實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
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方案三:以RNAi bait基因的細(xì)胞株為實(shí)驗(yàn)材料
? 1. 分別用輕鏈、重鏈氨基酸培養(yǎng)RNAi bait基因的細(xì)胞株和正常對(duì)照細(xì)胞株,培養(yǎng)至第5~6代時(shí)取等量細(xì)胞混合并提取蛋白質(zhì);
? 2. 提取的輕鏈、重鏈細(xì)胞總蛋白均用抗bait蛋白的特異抗體做IP;
? 3. 混合輕、重鏈IP產(chǎn)物,SDS-PAGE分離;
? 4. 膠內(nèi)酶切,肽段抽提、純化,質(zhì)譜鑒定和定量(圖3:成對(duì)出現(xiàn)且峰強(qiáng)一致的為非特異性結(jié)合蛋白;由于RNAi組的細(xì)胞株內(nèi)bait蛋白含量下降,因而與其相互作用的蛋白的豐度也相對(duì)較低,表現(xiàn)為峰強(qiáng)的減弱)。
圖3 RNAi細(xì)胞株的SILAC-IP實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)
四、SILAC研究蛋白質(zhì)相互作用結(jié)果組成
??????????????????圖4:SILAC分析蛋白質(zhì)相互作用的質(zhì)譜峰圖及被鑒定蛋白的生物信息分析
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五、SILAC研究蛋白質(zhì)相互作用技術(shù)服務(wù)內(nèi)容
1、細(xì)胞同位素標(biāo)記;(本公司出售L、M、H型Lys和Arg)
2、樣本制備與定量;
3、SDS-PAGE分離、酶切、LC-MS/MS分析;
4、蛋白定性及定量分析;
5、互作蛋白的生物信息學(xué)分析
6、實(shí)驗(yàn)報(bào)告整理。
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六、SILAC適用
????SILAC能標(biāo)記活的可傳代細(xì)胞、細(xì)菌等材料,不能標(biāo)記組織、體液等樣本,詳情請(qǐng)咨詢我司。
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七、實(shí)驗(yàn)服務(wù)報(bào)告內(nèi)容
??1、蛋白質(zhì)鑒定;
??2、SILAC鑒定相互作用蛋白質(zhì)的分析結(jié)果;??
??3、顧客指定蛋白質(zhì)對(duì)應(yīng)的質(zhì)譜峰圖;??
??4、完整的技術(shù)服務(wù)報(bào)告,包括實(shí)驗(yàn)步驟、使用試劑、儀器、軟件檢索參數(shù)等。
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八、實(shí)驗(yàn)服務(wù)周期及收費(fèi)標(biāo)準(zhǔn):咨詢本公司
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九、質(zhì)量承諾
?1、根據(jù)您的實(shí)驗(yàn)?zāi)康臑槟O(shè)計(jì)科學(xué)合理的SILAC實(shí)驗(yàn)方案;
?2、提供客觀、真實(shí)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。